Vienas garsiausių Lietuvos piliakalnių – Merkinės piliakalnis – bei nuo jo atsiverianti Nemuno ir Merkio santaka jau seniai tapo Dzūkijos simboliu. Piliakalnį iš trijų pusių juosia Nemuno ir Stangės upelio slėniai, o iš šiaurės jį gilia dauba atskiria nuo gretimų aukštumų. Kalvos šlaitai gana statūs, nuo Nemuno pusės iki 30 m aukščio. Išlikusioje 5 x 7 m dydžio piliakalnio aikštelės dalyje (didesnė jos dalis nuslinko į Stangės slėnį) pietiniame bei rytiniame krašte yra iki 1,5 m aukščio nuo aikštelės paviršiaus pylimo liekanų. Merkinės pilis greičiausiai pastatyta XIII a. a. pusėje. XIV a. – XV a. pr. tapo svarbiausiu panemunės kariniu – strateginiu centru kovose su Livonijos ordinu.
Piliakalnyje stovėjo Merkinės pilis. Nuo 1377 m. kryžiuočių kronikos pilį dažnai mini „Merkenpille“ bei „Merkenpil“. Pilies apylinkes 1377 m. niokojo kryžiuočiai. 1391 m. lapkričio 30 d. pilį be kovos užėmė Vytauto kariuomenė. 1394 m. sausį ją sudegino atsitraukdama įgula. Ji atstatyta, nes 1403 m. sausį dar kartą sudeginta kryžiuočių. Po to pilis vėl atstatyta, nes minima 1409, 1413, 1425, 1434, 1442 ir 1444 m. Manoma, kad greičiausiai Merkinės pily Jogaila pasirašė Magdeburgo miesto teisių suteikimo privilegiją Merkinei ir Vilniaus miestui.
