Šakaičių kaimas pirmą kartą minimas 1599 m. brolių Oziemblovskių dalybų akte. Šiame akte užfiksuota ir Šakaičio pavardė (aptinkama miesto apylinkėse ir dabar), todėl beveik neabejojama, kad Šakių vardo kilmė yra asmenvardiška.
Ilgainiui miesto vardas sutrumpėjo, ir vietoje Šakaičių 1719 m. jau paminėtas Šakių vardas, kuris išliko iki šių dienų. Kita vertus, neatmetama versija, kad galėjo sutrumpėti ne miesto vardas, o pavardė (į Šakys, kaip, pvz., nuo Stelmokaitis į Stelmokas arba Kybartaitis į Kybartas), ir toks sutrumpėjimas sąlygojo ir miesto vardo formos paprastėjimą.