Miesto vardo kilmė aiški – jis kilęs nuo žodžio trãkas („pakilesnė vieta miške, iškirsta ar išdegusi miško vieta; visuma krūmų veislių, sudaranti žemutinį miško ardą“) daugiskaitos. Ši versija pateikiama dar 1861 m. rusiškame Vilniaus gubernijos metraštyje.
Dabartinis Trakų miestas yra Naujieji Trakai, kadangi pirmoji Trakų gyvenvietė yra dabartiniai Senieji Trakai. Manoma, kad pastaruosius pastatydino Ldk Gediminas visiškai naujoje vietoje, išdeginęs miško plotą.
Miesto vardas istorijos šaltiniuose pirmą kartą paminėtas 1337 metais. Kaip rašo kalbininkas A. Vanagas, vardo kilmė aiški – jis susidarė iš bendrinio žodžio trăkas daugiskaitos. Šis žodis turi kelias viena iš kitos išsirutuliojusias reikšmes: ,,miške pakilesnė pieva, iškirsta ar išdegusi miško vieta; visuma krūmų veislių, kurios sudaro žemutinį miško ardą“
Šaltinis: Vanagas, Aleksandras. Trakai //Vanagas, Aleksandras. Lietuvos miestų vardai. – Vilnius, 1996. – P. 250-251.