Apie 1928 – 1929 m. keletas pažangių Marijampolės ūkininkų pradėjo kalbėti apie tai, kad Marijampolėje reikia steigti muziejų ir kaupti jame liaudies meno eksponatus. Patalpos muziejui buvo skirtos Vaičaičio gatvėje. Muziejus, tuomet vadinęsis „Sodžiaus“ vardu, buvo atidarytas 1933 m. rudenį. Pirmasis muziejaus direktorius (tuomet vedėjas) buvo agronomas K. Bajorinas.
Manoma, kad muziejaus pagrindą sudarė šviesuolio, tautosakos rinkėjo ir tyrėjo Vinco Šlekio surinkti eksponatai. Muziejinės vertybės buvo renkamos ir pasitelkus į pagalbą mokinius. Šiuo darbu rūpinosi tuometinis mokyklų inspektorius J. Maurukas. Muziejuje galime pamatyti 1932 m. išleistą raginimą „Rinkime ir siųskime „Sodžiaus“ muziejui Marijampolėje senienas“, kuriame visuomenė kviečiama rinkti „sodžiuje nykstančius įvairius buities dalykus“ ir padovanoti juos muziejui. Iki karo muziejuje buvo sukaupta apie 1000 eksponatų.
Muziejus keletą kartų buvo kilnojamas iš vieno pastato į kitą. Didėjant eksponatų skaičiui, 1938 m. muziejus perkeliamas į aplūžusį pastatą prie apskrities savivaldybės Kęstučio gatvėje.
Karo metais muziejus labai nenukentėjo, nes nei vokiečiai, nei rusai ko gero nepagalvojo, kad tokiame neišvaizdžiame pastate gali būti įsikūręs muziejus.
1948 m. „Sodžiaus“ muziejus perorganizuotas į kraštotyros muziejų ir 1950 m. perkeltas į patalpas Laisvės gatvėje. Tuo metu muziejuje buvo trys skyriai: istorijos, etnografijos – liaudies meno ir gamtos.
Į dabartines patalpas Vytauto gatvėje muziejus persikėlė 1964 m. Tai XIX a. pabaigos neoklasicizmo patalpų kompleksas su dalinai išlikusiais senaisiais puošybos elementais: krosnimis, rozetėmis, karnizais ir kita.
1991 metų pabaigoje muziejaus pastatas stipriai nukentėjo nuo gaisro: nudegė stogas, apdegė ir buvo sulietos vandeniu administracinės patalpos. 1991 – 2005 m. vyko viso muziejaus pastato renovacijos ir pertvarkymo darbai, atkurti senieji pastato išorės ir vidaus puošybos elementai.
Prie Marijampolės kraštotyros muziejaus ilgą laiką veikė du būreliai: Suvalkietiškų kanklių mokyklėlė, įkurta 1998 m., ir 2000 m. įkurtas Vaikų tautosakos būrelis. Užsiėmimus iki pat 2015 m. sėkmingai vykdė muziejaus darbuotojas Jaunius Vylius.
Nuolatinės muziejaus ekspozicijos: „Tautos dvasia“ (atidaryta 2001 metais), „Miestas prie Šešupės“ (atidaryta 2008 metais), „Buitis ir būtis XX a.“ (atidaryta 2015 metais).
Muziejuje veikia „Saulėračio“ galerija. Joje rengiamos Sūduvos krašto ir visos Lietuvos tautodailininkų bei įvairių sričių profesionalių menininkų darbų parodos bei teminės parodos įvairių valstybinių bei kalendorinių švenčių progomis, knygų pristatymai, kiti renginiai.
Muziejus turi du padalinius: V. Mykolaičio – Putino memorialinį muziejų bei Tauro apygardos partizanų ir tremties muziejų.
Marijampolės krašto ir Prezidento Kazio Griniaus muziejus – virtualus turas
Lietuvos muziejų virtualūs gidai:
Vilniaus paveikslų galerija – virtualus turas
Nacionalinė dailės galerija – virtualus turas
Tauragės krašto muziejus „Santaka“ – virtualus turas
Žemaičių muziejus „Alka“ – virtualus turas
Lietuvos aviacijos muziejus – virtualus turas
Chaimo Frenkelio vilą – virtualus turas
Zarasų krašto muziejus – virtualus turas
Medininkų pilis – virtualus turas
Ignalinos krašto muziejus – virtualus turas
Šilutės Hugo Šojaus muziejus – virtualus turas
Raudondvario pilis, Kauno rajono muziejus – virtualus turas
Prano Domšaičio galerija – virtualus turas
Kelmės krašto muziejus – virtualus turas
Lietuvos tarpukario architektūra – virtualus turas
MO muziejaus virtualus turas po parodą „Rūšių atsiradimas. 90-ųjų DNR“
Lankytinos vietos Kaune – virtualūs turai
Vilniaus pilių teritorija – virtualus turas
Klaipėdos laikrodžių muziejus – virtualus turas