1922 m. įkurtas Kėdainių krašto muziejus yra vienas seniausių Lietuvoje. Jo įkūrėjas ir pirmasis direktorius buvo Kėdainių apskrities valdybos pirmininkas Vladas Rybelis, jis padovanojo muziejui apie 1000 savo surinktų senienų. Muziejus įsikūrė trijose nedidelėse dabartinės M. Daukšos viešosios bibliotekos pirmo aukšto patalpose. Ekspoziciją sudarė penkios vitrinos, trys spintos ir nedidelė lentyna, kuriose buvo eksponuojami archeologiniai radiniai, etnografinės senienos, numizmatika. Muziejų išlaikė tame pačiame pastate veikusi Kėdainių apskrities valdyba.
Nuo įkūrimo muziejui trūko patalpų. 1931 m. apskrities valdybos komisijos rašte skelbiama, kad…muziejus sutalpintas viename kambaryje taip, kad eksponatai veik visi sudėti krūvoje, o lankytojams, ypač didesniame skaičiuje, visai nėra kur apsisukti. Reikia kiek galima muziejų praplėsti. Kitos tų pačių metų komisijos išvadose teigiama, kad…skaitykla ir muziejus įrengti labai gražiai, šviesu ir švaru, baldai geri ir gerame stovy.
Muziejų Kėdainių apskrities savivaldybei išlaikyti buvo sunku. 1937 m. pradžioje savo žinion jį perėmė Kraštotyros draugija, kurios valdybą sudarė V. Rybelis, A. Tylenis, S. Sužiedėlis, Z. Ruseckas, S. Tijūnaitis. Draugija rinko ir tvarkė eksponatus, saugojo nuo sunykimo apylinkių ir miesto istorinius paminklus. 1939 m. muziejuje buvo sukaupta apie 1800 eksponatų, vedėju dirbo G. Bobelis.
Per nacių okupaciją 1941–1944 m. muziejus buvo išgrobstytas, padaryta žala siekė 563200 rublių. Dalį eksponatų išgelbėjo muziejaus vedėjas G. Bobelis.
Po Antrojo pasaulinio karo muziejus glaudėsi vienoje grūdų paruošų punkto patalpoje Radvilų gatvėje. Vėliau jis buvo perkeltas į dabartinį Janinos Monkutės-Marks muziejaus-galerijos pastatą (dabar J. Basanavičiaus g. 43). Sovietmečiu muziejus tapo komunizmo ideologijos skleidėju: eksponatai rodė komunizmo statybos užmojus ir socialistinio gyvenimo privalumą, buvo organizuojamos ekskursijos kolūkiečiams, darbininkams ir moksleiviams, vedamos istorijos pamokos, rengiami susitikimai su karo veteranais.
Atgimimo laikotarpio, 1989–1991 m., ekspozicijų nuotraukos ir daiktai rodė tarpukario Lietuvą, prieškario ir pokario tremtį bei rezistenciją. 1991 m. Kėdainių kraštotyros muziejus, apjungus M. Katkaus memorialinį muziejų Ažytėnuose, J. Paukštelio memorialinį muziejų, Rotušės dailės galeriją, koncertų salę evangelikų liuteronų bažnyčioje, buvo pertvarkytas į Krašto muziejų.
2000 m. krašto muziejus įsikėlė į buvusį karmelitų vienuolyno pastatą Didžiojoje gatvėje. Restauruotose vienuolyno celėse ir patalpose įrengta 16 ekspozicijų salių, edukacinė klasė, fonduose saugoma daugiau nei 50 000 archeologijos, raštijos, istorijos, etnografijos, dailės, fotografijos, numizmatikos eksponatų.
Archeologijos ekspozicija išdėstyta dviejose salėse, jose eksponuojami akmens, žalvario, geležies amžių radiniai, Žalgirio mūšio diorama ir XIV–XV a. ginklai.
Didžiausioje ir erdviausioje salėje įrengta 15 unikalių garsaus XIX a. II pusės – XX a. I pusės dievdirbio Vinco Svirskio barokinių koplytstulpių ir kryžių ekspozicija. Muziejaus puošmena – XIX a. II pusės baldų komplektas, pagamintas anglų meistrų iš egzotiškų žvėrių ragų. 1900 m. šis baldų komplektas pasaulinėje Paryžiaus parodoje gavo aukso medalį. Baldus nupirko Apytalaukio dvaro savininkas grafas Henrikas Zabiela. Iki Antrojo pasaulinio karo jie buvo dvaro rūmų interjero puošmena.
2019 -2021 m. muziejus dalyvavo projekte „Kunigaikščių Radvilų paveldo Kėdainiuose ir Nesvyžiuje išsaugojimas bei pritaikymas turizmo reikmėms“ ENI-LLB-1-109, kurio tikslas buvo – restauruoti kunigaikščių Radvilų kriptą ir sarkofagus Kėdainių evangelikų reformatų bažnyčioje, atlikti kunigaikščių Radvilų kapaviečių mokslinius tyrimus, įrengti modernias ekspozicijas, surengti kunigaikščių Radvilų laikotarpį atspindinčius kultūrinius renginius, konferencijas Kėdainiuose ir Nesvyžiuje. 2021 m. atnaujintas kunigaikščių Radvilų mauzoliejus su moderniomis ekspozicijomis atvėrė duris lankytojams.
Pastaraisiais metais muziejus dalyvavo ir projekte „Lietuvos -Lenkijos istorija iš trijų miestų perspektyvos“, kurio metu muziejuje (Didžioji g. 19) įrengtos net keturios naujos ekspozicijos trijose salėse.
Pirmoji ekspozicija „Czeslawas Miloszas – Kėdainių krašte gimęs genijus“ pasakoja apie turbūt patį garsiausią pasaulyje Kėdainių krašto gyventoją, kuris savo tapatybe tarsi jungia Lietuvą ir Lenkiją. Ši ekspozicija, pristatanti genialų poetą, rašytoją, Nobelio premijos laureatą bando sudominti muziejaus lankytoją, paskatinti jį pasidomėti plačiau, nuvykti į Cz. Miloszo gimtuosius Šetenius.
Antrosios ekspozicijos „Kėdainių ryšiai su pasauliu“ ašis – interaktyvus žemėlapis -stendas, kuriame lankytojai gali įvairiais pjūviais pamatyti, kokiais ryšiais ir su kuo Kėdainiai buvo susiję XVII–XVIII a.
Trečiosios ekspozicijos „Kėdainiai – daugiatautis Abiejų Tautų Respublikos miestas“ pagrindas – prieš porą metų sukurtas interaktyvus maketas „Kėdainių aukso amžius XVII a. miesto gyventojų pasakojimuose“. Apie pagrindinius mieste buvusius objektus lankytojui pasakoja septyni personažai – to laikotarpio Kėdainių gyventojai. Lankytojas dabar turi galimybę ne tik girdėti, ką pasakoja personažai, bet ir matyti juos konkrečioje vietoje, kurios aplinka atkurta naudojant šiuolaikinius informacinių technologijų sprendimus – kompiuterinę 3D animaciją.
Ketvirtojoje ekspozicijoje „Miesto savininkai“ interaktyvus kunigaikščių Radvilų geneologinis medis supažindina lankytojus su visomis Radvilų šeimos šakomis. Šioje interaktyvioje ekspozicijoje lankytojas susipažins ir su kitomis istorinėmis asmenybėmis, kurios valdė Kėdainių miestą bei darė jam įtaką.
Muziejus turi 5 skyrius – Daugiakultūrį centrą, kunigaikščių Radvilų mauzoliejų, tradicinių amatų centrą Arnetų name, V Ulevičiaus medžio skulptūrų muziejų Kėdainiuose ir 1863 m. sukilimo muziejų Paberžėje.