Vidiškių dvaras kartu su miesteliu rašytiniuose šaltinuose minimi nuo 1492 metų, kai valdytojais įvardinti bajorai Vidiškiai. Spėjama, jog anuomet dvaras buvęs šalia miestelio ir tik vėliau sodyba perkelta į šiaurę, pervadinta Šventupės, o tarybiniai metais – Žemaitkiemio, vardu.
Yra išlikęs 1596 m. Vidiškių dvaro inventorius, sudarytas mirus Stanislovui Stanislovavičiui Vidiškiui ir jo žmonai Hanai Neviedomskai. Galbūt Stanislovo tėvas Jurgis Vidiškis fundavo pirmąją Vidiškių bažnyčią, statytą apie 1562 metus.
XVII a. pabaigoje dvaras atiteko Dambrauskams (herbas Junoša), jį valdė Marcijonas Dambrauskas ir jo žmona Ieva Komorovskaitė. Jis 1761 metais dvarą pardavė Ukmergės stalininkui Janui Dambrauskui, surašytas Šventupės dvaro inventorius, kuriame aprašytas ir dvarui priklausęs Mūšios palivarkas.
1794 metais sudarytas Šventupės dvaro detalusis valdų planas – už Šventosios dvaras ribojosi su Kopūstėlių kaimo žemėmis, nuo Vidiškių pusės su Vengravos (dabar Liūneliai) kaimu, toliau – su Jasiuliškiais ir Žemaitėlių (gal Žemaitkiemiu) kaimu. Plane pavaizduotas centrinis pastatas sutampa su išlikusių rūmų vieta. Dvaro valdas sudarė Vidiškių miestelis, Mūšios palivarkas ir dvaro centras. Dvaro žemėse taip pat buvo Blusiškių palivarkas, Medinių, Viesnovos, Genetėnų (Genėtinių), Kunigėlių, Kopūstėlių ir Vengravos kaimai.
XIX a. pradžioje dvaras priklausė Ukmergės maršalui (bajorvedžiui) Anuprui Koskai ir jo žmonai Hortenzijai. Jie buvo naujosios Vidiškių bažnyčios fundatoriai. Koskų valdymo metu šalia dvaro sodybos nutiestas Varšuvos-Peterburgo traktas.
Antroje XIX a. pusėje, iki 1882 m., dvaras priklausė kapitonienei Idai-Henrietei Grabovskai.
1882 metų gruodžio 18 dieną dvarą iš varžytinių nupirko Mykolas Komaras, turtingas bajoras, kurio tėvonija buvo Raguvėlės dvaras. XX a. pradžioje Šventupės dvarui priklausė 497 dešimtinės žemės, Medinės, Kroklaukuvkos, Zelionkos (Žaliosios), Povikalnio užusieniai, Mūšios palivarkas, žemės Vidiškių miestelyje. Ūkį valdė pats savininkas Mykolas Komaras.
Po karo dvare įsikūrė Žemaitkiemio MTS (mašinų traktorių stoties) centras, dvaro sodyba ir parkas pradėta vadinti Žemaitkiemiu.