Lyduokių dvaras pirmą kartą paminėtas 1499 m., tuomet dvarą valdė Bagdonas Petkevičius, nuo XVII a. – Dambrauskai, XVIII a. – XIX a. – Morikoniai.
Nuo XVI a. minimas Lyduokių kaimas. 1623 m. pastatyta Šv. arkangelo Mykolo bažnyčia, XVIII a. prie jos veikė parapinė mokykla, XIX a. viduryje – XX a. pirmoje pusėje – parapiniai senelių namai. 1859 m. buvo spirito varykla.
1907 m. Lyduokių dvarą įgijęs Mykolas Stanislovas Kosakovskis turėjo turtingą biblioteką ir giminės archyvą; jų dalis yra išlikusi, ją saugo Lietuvos nacionalinė Martyno Mažvydo biblioteka.
