Muziejus Utenoje buvo įkurtas 1929 metais. Tų metų lapkričio 22 dieną Utenos apskrities valdyba savo raštu Nr. 3444 leido Utenos apskrities antrojo rajono mokyklų inspektoriui Antanui Namikui steigti muziejų ir paskyrė jį to muziejaus vedėju.
A.Namikas, 1917 metais baigęs Maskvos imperatoriškąjį archeologijos institutą, pats jau buvo surinkęs nemažą archeologijos ir senųjų raštų kolekciją.
Muziejui buvo paskirtas nemažas kambarys naujojoje pradžios mokykloje. Dabar tai Rapolo Šaltenio pagrindinė mokykla J.Basanavičiaus gatvėje Nr. 32.
Lėšų eksponatų įsigijimui apskrities valdyba beveik neskyrė. Vertingiausius eksponatus A.Namikas pirkdavo už savo pinigus, bet daugumą žmonės atiduodavo veltui.
Prasidėjus sovietų okupacijai, A.Namikas buvo iš pareigų atleistas ir iš Utenos pasitraukė. Muziejus liko be priežiūros. Karo metais dauguma eksponatų buvo sunaikinta arba išgrobstyta.
1951 metais muziejus persikėlė į didesnes patalpas J. Basanavičiaus gatvėje Nr. 55 (dabar Nr. 64).
2000–2001 metais vyko muziejaus kapitalinis remontas su rekonstrukcija. Buvo sujungti abu pastatai, eksponatų saugykla išsikėlė į buvusią slėptuvę (Utenio a. Nr. 15).
Architektai Julius Masalskis ir Vytautas Zaranka suprojektavo naują muziejaus ekspoziciją. Baldus naujajai ekspozicijai pagamino Žilvino Malinausko individuali įmonė „Architera“. Prasidėjo naujų ekspozicijų rengimas. Muziejuje vykdomas mokslinis – tiriamasis, leidybinis darbas, vyksta aktyvi parodinė veikla, rengiami edukaciniai užsiėmimai, kultūriniai renginiai.
Utenos kraštotyros muziejus – virtualus turas
Lietuvos muziejų virtualūs gidai:
Vilniaus paveikslų galerija – virtualus turas
Nacionalinė dailės galerija – virtualus turas
Tauragės krašto muziejus „Santaka“ – virtualus turas
Žemaičių muziejus „Alka“ – virtualus turas
Lietuvos aviacijos muziejus – virtualus turas
Chaimo Frenkelio vilą – virtualus turas
Zarasų krašto muziejus – virtualus turas
Medininkų pilis – virtualus turas
Ignalinos krašto muziejus – virtualus turas
Šilutės Hugo Šojaus muziejus – virtualus turas
Raudondvario pilis, Kauno rajono muziejus – virtualus turas
Prano Domšaičio galerija – virtualus turas
Kelmės krašto muziejus – virtualus turas
Lietuvos tarpukario architektūra – virtualus turas
MO muziejaus virtualus turas po parodą „Rūšių atsiradimas. 90-ųjų DNR“
Lankytinos vietos Kaune – virtualūs turai
Vilniaus pilių teritorija – virtualus turas
Klaipėdos laikrodžių muziejus – virtualus turas